前駐斐濟代表秦日新與日本外交官黑川愛子的緋聞，在證實秦日新假公濟私之後升高為貪瀆醜聞。外交部在七月初成立專案小組，遠赴斐濟進行地毯式搜索，包括官邸警衛、司機、台商都指證歷歷，指秦日新與黑川關係「非比尋常」，且多次將公款用於二人私下聚會，已涉嫌貪瀆，讓外交部長楊進添立即做出停職並移送的嚴厲處分。
早在民進黨立委揭發秦日新案前，外交部內已數度接獲黑函，指控秦日新在駐所行為失當。在發現立委爆料內容與黑函多處情節符合之後，外交部於六月底成立專案小組進行調查。為避免外交系統護短，楊進添更要求由政風處和人事處主導調查，並直接向部長回報進度。
另據透露，處理斐濟代表處秘書劉壽軒性騷擾案的考紀會，本由負責人事管考的政務次長沈呂巡主持；但高層顧慮秦日新曾為沈呂巡舊屬，關係頗佳，因此改由主管亞太事務的常務次長沈斯淳擔任小組召集人，沈呂巡無從知悉調查內容。
為使專案小組查案不受干擾，外交部表面上先准秦日新返回任所，使他疏於防備；再於他轉機的中途令他立即返國，讓秦無暇掩飾證據。專案小組由政風處長帶隊，率人事、總務、檔案資訊等處室遠赴斐濟，清查所有帳冊、文書及通聯紀錄，甚至遍搜電腦檔案。主管政務的亞太司則由副司長葛葆萱出馬，透過當地台商、僑民和外交界人脈，了解秦日新在當地的言行。
知情人士以「若要人不知，除非己莫為」形容秦案，直言「連斐濟籍司機都知道兩人關係不正常」。在專案小組的地毯式查訪中，官邸雇員直指秦日新與黑川互動並未特別低調，官邸警衛不止一次看到黑川自由進出官邸，甚至沒有秦日新陪同，已違一般駐外館處的安全規定。
針對媒體所稱，調查報告提及官邸浴缸發現有女性毛髮，外交人士不願證實，只表示秦日新確實要求代表處秘書料理官邸房舍維修清潔等庶務，因此代表處人員和官邸雇傭才會在官邸中發現有「女性留宿」的物證。
專案小組同時根據司機證詞發現，秦日新除了帶黑川愛子到官邸外，更經常獨自前往黑川住處，有時一待就是整晚；而秦也經常帶黑川外出用餐，時間點與他申報餐費的交際活動重疊。調查報告所附的電話通聯紀錄，證明秦日新與黑川的電話聯繫極為頻繁，遠遠超出秦日新自白所說「協助黑川寫報告」的公務聯絡。這些物證也是外交部認定秦日新確有貪瀆行為，決定將秦日新移送司法調查的主要原因。
儘管秦日新貪瀆案部分情節已在媒體曝光，然而外交部堅持全案進入司法調查程序，調查報告不能公開，「連總統和行政院長都沒拿到內容」。 外交部高層強調，長達四百多頁的報告完成後，直接移送廉政署，相信檢調將可依據外交部提供的具體事證，確定秦日新的瀆職行為。
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